Program Kesetaraan pada Pondok Pesantren berbeda dengan program kejar paket karena memiliki induk Pesantren yang diselenggarakan oleh masyarakat. Pesantren yang dimaksud memiliki Izin Operasional yang dibuktikan melalui Nomor Pokok Sekolah Nasional (NPSN) yang diterbitkan oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan dan juga terdaftar pada Kantor Kementerian Agama Kabupaten/Kota yang dibuktikan dengan Nomor Statistik Pondok Pesantren (NSPP). Dengan kata lain PKPPS hanya bisa dilaksanakan oleh pesantren yang telah memiliki syarat administratif tersebut.
Program Kesetaraan pada Pondok pesantren juga tidak menghilangkan pembelajaran klasik yang telah dilakukan oleh Pondok Pesanren masing-masing.
Justru pembelajaran klasik yang dimiliki pesantren merupakan bagian dari keunikan PKPPS. Pondok pesantren tetap diberikan kebebasan dalam mengeksplor pendidikan keagamaan yang bersumber dari rujukan aslinya yaitu kitab-kitab kuning.
Sedangkan, pada kejar Paket penyelenggaranya adalah Kelompok belajar, Lembaga Kursus, baik pemerintah maupun swasta. Bahkan pada program kejar paket ini, masyarakat hanya diikutkan materi-materi atau mata pelajaran yang hanya akan diujikan nasional saja.
Misalnya Pada program paket A, Ujian Nasional mencakup mata pelajaran Bahasa Indonesia, Matematika, Ilmu Pengetahuan Alam (IPA), Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS) dan Pendidikan Kewarganegaraan.
E-Paper BANPOS Terbaru
Pada program paket B, Ujian Nasional mencakup mata pelajaran Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, Matematika, Ilmu Pengetahuan Alam (IPA), Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS) dan Pendidikan Kewarganegaraan.
Pada program paket C, Ujian Nasional mencakup mata pelajaran Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, Matematika, dan mata pelajaran yang menjadi ciri khas program pendidikan. (Lihat PP. No 19 Tahun 2005 Tentang Standar Nasional Pendidikan dan Keputusan menteri pendidikan dan Kebudyaaan No. 0131/U/1994 Tentang Program Paket A dan Paket B Menteri Pendidikan dan Kebudayaan. Jadi program kesetaraan pada PKPPS lebih spesifik penyelenggaranya dilakukan oleh Pesantren sedangkan di Luar Pesantren menggunakan Kejar Paket.
